Portugal slo Bosnia-Hercegovina 3-0 i Lisboa og tok tre seire fra tre i gruppe J, med Manchester City-stjernen Bernardo Silva som åpnet scoringen minuttet før pause.
Fernandes headet inn det andre fra et Ruben Neves-innlegg i det 77. minutt og scoret sitt andre, og Portugals tredje, på overtid.
Cristiano Ronaldo bar kapteinsbindet og spilte alle 90 minutter da den 38 år gamle internasjonale rekordholderen for menn vant sin 199. landskamp.
Spissen som for øyeblikket spiller for Al Nassr i Saudi-Arabia klarte imidlertid ikke å legge til rekorden 122 internasjonale mål – han fant nettet med en heading midtveis i første omgang bare for å bli nektet av et offsideflagg.
Portugal, som reiser til Island på tirsdag, leder gruppe J med ni poeng fra ni mulige, etter å ha scoret 13 mål og ikke sluppet inn noen.
De er to poeng unna Slovakia, som slo Island 2-1 i Reykjavik med Tomas Suslov som ubevisst scoret vinneren 20 minutter før tid etter at en straffespark fra Alfred Finnbogason til vertene avbrøt Juraj Kuckas første kamp.
Luxembourg slo Liechtenstein 2-0 i samme gruppe på seks lag, hvorav de to øverste lagene gikk videre til finalen i Tyskland.
Skottland har tre seire av tre i gruppe A etter å ha fulgt en berømt seier over Spania i mars ved å komme bakfra sent for å slå Norge 2-1 på lørdag.
Det så ut som Norge skulle få sin første seier i kampanjen etter at Erling Haaland ble felt i boksen på timen av Ryan Porteous og omsatte straffen.
Det var Haalands 22. mål på 24 kamper for Norge, og det ble trukket seks minutter før tid av trener Stale Solbakken med jobben tilsynelatende gjort.
Men så utlignet Skottland i det 87. minutt da Leo Ostigard ikke klarte å klare en pasning fra John McGinn, noe som tillot Lyndon Dykes å stange hjem.
Og Skottland var ikke ferdige da de snappet vinneren et minutt av og til, med McGinn og Dykes som slo seg sammen for å la Norwich Citys Kenny McLean spille inn, noe som ga Norge med bare ett poeng etter tre kamper.
Lukaku redder Belgia
Skottland, som gikk 23 år uten å spille en stor turnering før de dro til Euro 2020, har nå en fantastisk plassering på toppen av gruppe A, fem poeng foran Georgia og seks foran finalistene i Nations League, Spania.
Imidlertid har de spilt en kamp mer enn de to lagene og vert Georgia i Glasgow på tirsdag.
«Noen ganger når det er ditt øyeblikk må du bare ri på bølgen. Guttene trodde på seg selv og fortsatte,» sa Skottlands trener Steve Clarke.
Georgia, trent av den tidligere franske internasjonalen Willy Sagnol, vant 2-1 på Kypros med Zuriko Davitashvili som scoret den sene vinneren.
Dette var etter at Georges Mikautadzes åpning ble kansellert av en Ioannis Pittas-straffe for Kypros.
Belgia ble holdt 1-1 av Østerrike i Brussel, med kaptein Romelu Lukaku som snudde og skjøt fra kanten av boksen like etter timemerket for vertene.
De var etterpå etter at Orel Mangala avviste et skudd forbi keeper Thibaut Courtois og inn i sitt eget nett.
«Etter det første målet så vi hodet falle, noe vi må lære av fordi dette laget er ungt,» sa Belgia-trener Domenico Tedesco. «Men til slutt, ærlig talt, så jeg også gode ting.»
Eden Hazard, den tidligere belgiske kapteinen som sluttet i internasjonal fotball etter VM, deltok på kampen og tok en seremoniell runde rundt stadion ved pause.
Belgia er tre poeng bak gruppelederne Østerrike, men én kamp mindre. De er tilbake på tirsdag i Estland, som spilte uavgjort 1-1 mot Aserbajdsjan på lørdag.
I andre aksjoner sementerte Tsjekkia sin posisjon i toppen av gruppe E etter en 3-0-seier på Færøyene der Vaclav Cerny scoret to ganger.
«Typisk zombieaholic. Generell twitterfanatiker. Matfanatiker. Gamer. Unapologetisk analytiker.»